Código fuente y paquetes de lenguajes: make, pip, paquetes aislados (Flatpak, Snap)

No todo el software llega por los repositorios de tu distribución. A veces compilas desde el código fuente, instalas una biblioteca con el gestor de paquetes de un lenguaje o usas un paquete universal aislado. Cada enfoque tiene ventajas y desventajas en cuanto a actualizaciones, seguridad y orden, y Linux+ espera que sepas cómo funciona cada uno y cuándo preferirlo. La regla general es usar primero los paquetes de la distribución y recurrir a los demás solo cuando necesites algo que los repositorios no ofrecen.